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Title: Desenvolvimento computacional de um inibidor das proteínas midkina e glutationa s-transferase.
Other Titles: Computational development of a midkina and glutationa s-transferase protein inhibitor.
Desarrollo computacional de un inhibidor de las proteínas midkina y glutatión s-transferasa.
???metadata.dc.creator???: SILVA, Rafaela Bezerra da.
???metadata.dc.contributor.advisor1???: DELATORRE, Plínio.
???metadata.dc.contributor.referee1???: LEITE, Renner de Souza.
???metadata.dc.contributor.referee2???: LIMA, Eleonidas Moura.
Keywords: Inibidor;Câncer;Midkina;GSTP1;inhibidor;Cáncer
Issue Date: 23-Jul-2015
Publisher: Universidade Federal de Campina Grande
Citation: SILVA, Rafaela Bezerra da. Desenvolvimento computacional de um inibidor das proteínas midkina e glutationa s-transferase 2015. 82f. Dissertação (Mestrado em Ciências Naturais e Biotecnologia) – Programa de Pós-Graduação em Ciências Naturais e Biotecnologia PPGCNBiotec, Centro de Educação e Saúde, Universidade Federal Campina Grande - Cuité - Paraíba - Brasil, 2015.
???metadata.dc.description.resumo???: O desenho racional de fármacos tem sido largamente utilizado para o desenvolvimento de medicamentos mais eficazes no tratamento de diversas doenças, inclusive o câncer. Este termo é utilizado para o conjunto de doenças ocasionadas pelo crescimento desordenado de células, que invadem tecidos e órgãos do próprio organismo, podendo se espalhar por todo o corpo, processo denominado metástase. Entre as diversas pesquisas direcionadas à formação de novas drogas para o tratamento de tumores está a terapia alvo molecular que se baseia na utilização de fármacos que inativam uma determinada proteína de uma célula cancerígena. A Biologia Molecular identificou várias proteínas relacionadas com o câncer, dentre estas estão a midkina (MK) e a glutationa S-transferase da classe Pi (GSTP1), associadas à capacidade de multiplicação e à resistência dos tumores, respectivamente. O desenvolvimento de um inibidor que apresente especificidade tanto para a MK quanto para a GSTP1 possibilitará um tratamento sem prejuízos às células normais e uma melhor qualidade de vida aos pacientes cancerosos. O presente trabalho objetivou projetar uma molécula capaz de inibir as atividades biológicas da MK e da GST na referida patologia. Utilizando como recursos o site de busca Protein Data Banc (PDB) para a obtenção das estruturas tridimensionais estudadas, o Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) para alinhamento e análise das sequências protéicas, o software Hex 8.0 para a realização dos testes de docking molecular e o WinCoot 0.7.1 para a identificação das interações intermoleculares hidrofóbicas e de hidrogênio analisadas nos complexos gerados. Para o desenvolvimento da molécula foram utilizados como modelo os inibidores 6-(7-Nitro-2,1,3-Benzoxadiazol-4-Ylthio) Hexanol (NBDHEX) e o 5-propiltio-1H-benzimidazol-2-il) carbamato (albendazol). O inibidor desenvolvido (RBT15) foi projetado através de estruturas previamente depositadas no PDB e recortadas para atenderem as características topológicas dos receptores. Os testes analisados evidenciaram que o ligante RBT15 é energeticamente mais favorável e demonstrou interação com um maior número de resíduos de interesse que os outros dois inibidores analisados. Os dados sugerem que a estrutura desenvolvida pode vir a ser um potencial inibidor das proteínas MK e GSTP1. Sendo, por esse motivo, uma promissora molécula para o desenvolvimento de fármacos mais eficientes e menos invasivos para o tratamento de câncer.
Abstract: The rational design of drugs has been widely used for drug development more effective in the treatment of various diseases, including cancer. This term used and hair diseases caused set cluttered cell growth, tissues and organs to invade que own body and can spread throughout the body, process called metastasis. Between how several research aimed at new training drugs for tumor treatment is molecular target therapy, which is based on the use of drugs that inactivate a particular cancer cell protein. Molecular biology has identified several proteins related to cancer, among these are Midkina (MK) and Glutathione S-Transferase Pi class (GSTP1), associated with the multiplication capacity and resistance of tumors, respectively. The development of a specific inhibitor that present both for GSTP1 and MK as to enable a free damage to normal cells treatment and better quality of life for cancer patients. This study aimed to design a molecule capable of inhibiting the biological activity of MK and GST in that condition. Using resources like search website Protein Data Bank (PDB) for obtaining the studied three-dimensional structures, the Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) for alignment and analysis of protein sequences, the Hex 8.0 software for the realization of molecular docking test and WinCoot 0.7.1 to identify the hydrophobic intermolecular interactions and hydrogen generated in the analyzed complexes. For the development of the molecule were used as the template inhibitors 6-(7-nitro-2, 1, 3-benzoxadiazol-4-Ylthio) Hexanol (NBDHEX) and 5-propylthio-1H-benzimidazol-2-yl) carbamate (Albendazol). The developed inhibitor (RBT15) was designed using previously deposited in PDB structures and trimmed to meet the topological characteristics of the receivers. The tests showed that the analyzed RBT15 binder is energetically more favorable and demonstrated interaction with a larger number of residues of interest than the other two analyzed inhibitors. The data suggest that the developed structure might be a potential inhibitor of GSTP1 and MK proteins. Since, therefore, a promising molecule for the development of more efficient and less invasive drugs for the treatment of cancer.
???metadata.dc.description.resumen???: El diseño racional de fármacos se ha utilizado ampliamente para el desarrollo de fármacos más efectivos en el tratamiento de diversas enfermedades, incluido el cáncer. Este término se utiliza para el conjunto de enfermedades causadas por el crecimiento desordenado de las células, que invaden los propios tejidos y órganos del cuerpo, pudiendo diseminarse por todo el organismo, proceso denominado metástasis. Entre las diversas investigaciones dirigidas a la formación de nuevos fármacos para el tratamiento de tumores se encuentra la terapia de diana molecular que se basa en el uso de fármacos que inactivan una determinada proteína en una célula cancerosa. Biología Molecular ha identificado varias proteínas relacionadas con el cáncer, entre las que se encuentran midkina (MK) y la glutatión S-transferasa de clase Pi (GSTP1), asociadas con la multiplicación y la resistencia del tumor, respectivamente. El desarrollo de un inhibidor que tenga especificidad tanto para MK como para GSTP1 permitirá el tratamiento sin dañar las células normales y una mejor calidad de vida para los pacientes con cáncer. El presente trabajo tuvo como objetivo diseñar una molécula capaz de inhibir las actividades biológicas de MK y GST en dicha patología. Utilizando como recursos el buscador de Protein Data Banc (PDB) para obtener las estructuras tridimensionales estudiadas, el Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) para el alineamiento y análisis de secuencias de proteínas, el software Hex 8.0 para la realización de pruebas de acoplamiento molecular y WinCoot 0.7.1 para la identificación de interacciones hidrofóbicas e intermoleculares de hidrógeno analizadas en los complejos generados. Para el desarrollo de la molécula se utilizaron los inhibidores 6-(7-Nitro-2,1,3-Benzoxadiazol-4-Ylthio) Hexanol (NBDHEX) y 5-propiltio-1H-bencimidazol-2-il) carbamato (albendazol). El inhibidor desarrollado (RBT15) fue diseñado a partir de estructuras previamente depositadas en el PDB y cortadas para cumplir con las características topológicas de los receptores. Las pruebas analizadas mostraron que el ligando RBT15 es energéticamente más favorable y mostró interacción con un mayor número de residuos de interés que los otros dos inhibidores analizados. Los datos sugieren que la estructura desarrollada podría ser un inhibidor potencial de las proteínas MK y GSTP1. Por tanto, es una molécula prometedora para el desarrollo de fármacos más eficientes y menos invasivos para el tratamiento del cáncer.
Keywords: Inibidor
Câncer
Midkina
GSTP1
inhibidor
Cáncer
???metadata.dc.subject.cnpq???: Biologia Molecular
URI: http://dspace.sti.ufcg.edu.br:8080/jspui/handle/riufcg/1256
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