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http://dspace.sti.ufcg.edu.br:8080/jspui/handle/riufcg/9324
Title: | Seleção in sílico de genes miraculina de Citrus sinensis candidatos a ensaios funcionais. |
Other Titles: | In serum selection of miraculin genes from Citrus sinensis candidates for functional tests. Selección in silico de genes de miraculina de Citrus sinensis candidatos para ensayos funcionales. |
???metadata.dc.creator???: | SOUZA, Adeilma Fernandes de. |
???metadata.dc.contributor.advisor1???: | CAMPOS, Magnólia de Araújo. |
???metadata.dc.contributor.advisor-co1???: | TAKITA, Marco Aurélio. |
???metadata.dc.contributor.referee1???: | MAIA, Rafael Trindade. |
???metadata.dc.contributor.referee2???: | LOPES, Marcus José Conceição. |
Keywords: | Banco de dados;Genômica;Mineração de dados;Data bank;Genomics;Data mining;Genética;Sequências gênicas;Genetics;Gene sequences;Minería de datos |
Issue Date: | 30-Nov-2015 |
Publisher: | Universidade Federal de Campina Grande |
Citation: | SOUZA,Adeilma Fernandes de. Seleção in sílico de genes miraculina de Citrus sinensis candidatos a ensaios funcionais. 2015. 57 fl. (Trabalho de Conclusão de Curso – Monografia), Curso de Licenciatura em Ciências Biológicas, Centro de Educação e Saúde, Universidade Federal de Campina Grande, Cuité – Paraíba – Brasil, 2015. |
???metadata.dc.description.resumo???: | O estudo da expressão de genes Miraculina em Citrus sinensis é de grande relevância, considerando-se a importância financeira atribuída as culturas de citros e variedades estudadas, bem como o envolvimento desses genes no desenvolvimento dos frutos e nas respostas de plantas a estresses bióticos e abióticos. O objetivo desse trabalho foi selecionar genes Miraculina de Citrus sinensis de interesse para estudos funcionais, usando análises in silico baseadas em informações dos bancos de dados CAP e CitEST. A estratégia empregada envolveu a identificação dos genes nos genomas por palavra-chave, análises de similaridade via BLASTx, análise de ORFs, análise de parâmetros físico-quimicos e de domínios funcionais, análise da expressão em órgãos, bem como inferências filogenéticas a partir de alinhamento múltiplo de sequencias de proteínas. Como resultados, no genoma da espécie vegetal Citrus sinensis foram encontrados 16 genes Mir identificados na cv. “Valência” e disponíveis no banco de dados CAP (Citrus sinensis Annotation Project). Dez genes miraculina da espécie Citrus sinensis do genótipo cultivar ‘Valência’ apresentaram sequencias diferentes daquelas do genótipo cultivar ‘Pêra’ selecionadas no banco de dados CitEST. Dos 16 genes Mir de laranja doce ‘Valência’ identificados, quatro foram idênticos a quatro genes isolados da cultivar ‘Pêra’ e apresentam alto nível de expressão em frutos, folhas e flor sob variadas condições. Das quatro proteínas deduzidas de C. sinensis selecionadas e caracterizadas molecularmente, três apresentaram domínio para Inibidor de Tripsina da superfamília Kunitz. Das quatro proteínas deduzidas de C. sinensis selecionadas, três apresentaram pH teórico ácido e uma básico. Genes CsMir1 e CsMir2 representam bons candidatos para ensaios de atividade molecular in silico, por apresentarem melhores informações moleculares dentre os analisados viáveis ao seu funcionamento a nível de expressão, haja vista sua importância em aplicações biotecnológicas. |
Abstract: | The study of miraculin gene expression in Citrus sinensis is of great importance, considering the financial importance of the citrus crop and studied varieties as well as the involvement of these genes in the development of the fruits and the responses of plants to biotic and abiotic stresses. The objective of this work was to select Citrus sinensis miraculin-lke genes of interest for functional studies using in silico analysis based on information from databases CAP and CitEST. The strategy employed involved the identification of genes in keyword by genomes, analysis of similarity via BLASTx, ORFs analysis, analysis of physical-chemical parameters and functional domains, analysis of the expression in organs and phylogenetic inferences from Multiple alignment of protein sequences. As a result, the genome of the plant species Citrus sinensis found 16 genes Mir identified in cv. "Valencia" and available in CAP database (Citrus sinensis Annotation Project). Ten miraculin genes from the species Citrus sinensis genotype cultivar 'Valencia' presented different sequences from those of genotype cultivate Pera selected in CitEST database. Of the 16 genes sweet orange Mir 'Valencia' identified, four were identical to four single genes cultivar Pera and have a high level of expression in fruits, leaves and flower under varying conditions. Of the four proteins deduced from C. sinensis selected and characterized molecularly, three presented domain to Trypsin Inhibitor superfamily of Kunitz. Of the four proteins deduced from C. sinensis selected, three presented theoretical pH acid and a base. CsMir1 and CsMir2 genes represent good candidates for molecular activity assays in silico, by presenting best molecular information from the analyzed viable for it to function at the level of expression, given their importance in biotechnological applications. |
???metadata.dc.description.resumen???: | El estudio de la expresión de genes de Miraculina en Citrus sinensis es de gran relevancia, considerando la importancia económica atribuida a los cultivos y variedades de cítricos estudiados, así como la implicación de estos genes en el desarrollo del fruto y en las respuestas de las plantas a estreses bióticos y abióticos. . El objetivo de este trabajo fue seleccionar genes de Citrus sinensis Miraculin de interés para estudios funcionales, utilizando análisis in silico basados en información de las bases de datos CAP y CitEST. La estrategia empleada involucró la identificación de genes en los genomas por palabra clave, análisis de similitud vía BLASTx, análisis de ORFs, análisis de parámetros fisicoquímicos y dominios funcionales, análisis de expresión en órganos, así como inferencias filogenéticas a partir de alineamientos múltiples de secuencias proteicas. Como resultado, en el genoma de la especie vegetal Citrus sinensis se identificaron 16 genes Mir en el cv. “Valencia” y disponible en la base de datos CAP (Citrus sinensis Annotation Project). Diez genes de miraculina de la especie Citrus sinensis del genotipo del cultivar 'Valencia' presentaron secuencias diferentes a las del genotipo del cultivar 'Pêra' seleccionado en la base de datos CitEST. De los 16 genes Mir de naranja dulce 'Valencia' identificados, cuatro eran idénticos a cuatro genes aislados del cultivar 'Pêra' y presentan un alto nivel de expresión en frutos, hojas y flores en diferentes condiciones. De las cuatro proteínas deducidas seleccionadas y caracterizadas molecularmente de C. sinensis, tres mostraron dominancia para el inhibidor de tripsina de la superfamilia Kunitz. De las cuatro proteínas seleccionadas deducidas de C. sinensis, tres tenían un pH teórico ácido y una tenía un pH básico. Los genes CsMir1 y CsMir2 representan buenos candidatos para ensayos de actividad molecular in silico, ya que presentan mejor información molecular entre los analizados viables para su funcionamiento a nivel de expresión, dada su importancia en aplicaciones biotecnológicas. |
Keywords: | Banco de dados Genômica Mineração de dados Data bank Genomics Data mining Genética Sequências gênicas Genetics Gene sequences Minería de datos |
???metadata.dc.subject.cnpq???: | Ciências Biológicas |
URI: | http://dspace.sti.ufcg.edu.br:8080/jspui/handle/riufcg/9324 |
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