dc.creator.ID |
SILVA, P. V. |
pt_BR |
dc.creator.Lattes |
http://lattes.cnpq.br/0681185833020971 |
pt_BR |
dc.contributor.advisor1 |
NASCIMENTO, Ana Verônica Silva do. |
|
dc.contributor.advisor1ID |
NASCIMENTO, A. V. S. |
pt_BR |
dc.contributor.advisor1Lattes |
http://lattes.cnpq.br/6761533520481142 |
pt_BR |
dc.contributor.referee1 |
BARROS, Aldre Jorge Morais. |
|
dc.contributor.referee2 |
NÓBREGA, Franklin Ferreira de Farias. |
|
dc.identifier.doi |
https://dx.doi.org/10.52446/cursoengbiotecnologiaCDSA.2022.tccmon.silva |
|
dc.description.resumo |
A batata-doce (Ipomoea batatas) é uma hortaliça de importância nacional, uma vez que é a
quarta hortaliça mais consumida no Brasil com grande adaptação aos diversos sistemas de
climas e solos, possuindo baixo custo de produção. Nacionalmente, as regiões Sul e Nordeste
destacam-se por serem responsáveis por grande parte da produção do país. Mas atualmente as
plantações vêm sofrendo grande perdas com as infeções de patógenos fúngicos, em destaque a
espécie Fusarium Oxysporum. Assim, o presente trabalho teve por objetivo fazer um estudo
genético da espécie Fusarium Oxysporum f. sp. rapae, pertencente ao grupo do complexo
Fusarium Oxysporum, além de produção de primers para diagnostico molecular com o gene
LYS2. Com as buscas das sequencias do gene de interesse utilizando a ferramenta blast da
plataforma do NCBI, foram selecionadas 15 sequencias para em seguida gerar a árvore
filogenética com as sequencias selecionadas e depois desenhar os marcadores para qPCR e os
iniciadores da técnica LAMP. Os resultados obtidos da arvore filogenética, com o método de
inferência bootstrap, apresentaram bons resultados de similaridades entre as espécies,
resultando em uma boa árvore de espécie com representação de topologia histórica das espécies.
Os primers desenhados com a plataforma primer3Plus demonstraram serem bons marcadores,
atendendo todos os parâmetros e apenas três dos cinco conjuntos de iniciadores desenhados
foram selecionados para técnica LAMP. Os protocolos desenvolvidos (in sílico) foram
baseados em técnicas moleculares para diagnosticar o F. oxysporum na batata doce, sendo um
protocolo para técnica qPCR e outro protocolo para técnica LAMP. |
pt_BR |
dc.publisher.country |
Brasil |
pt_BR |
dc.publisher.department |
Centro de Desenvolvimento Sustentável do Semiárido - CDSA |
pt_BR |
dc.publisher.initials |
UFCG |
pt_BR |
dc.title |
Estudo filogenético e produção de marcadores moleculares in silico para diagnóstico de Fusarium oxysporum f. sp. rapae, in Ipomoea potatoes (L.) Lam. |
pt_BR |
dc.date.issued |
2022-08-30 |
|
dc.description.abstract |
Sweet potato (Ipomoea batatas) is a vegetable of national importance, also it is the fourth most
consumed vegetable in Brazil with great adaptation to different climates and soils and has a low
production cost. Nationally, the south and northeast regions have the title of being responsible
for the biggest part of the country's production, but currently the crops have been suffering
several damages with the infection of fungal pathogens, especially the species Fusarium
Oxysporum. The present work is intended to make a genetic study of the species Fusarium
Oxysporum f. sp. rapae, that belongs to the Fusarium Oxysporum genetic complex, and also
the production of primers for molecular diagnosis with the LYS2 gene. Researching genetic
sequences using the blast tool of the NCBI platform, 15 sequences were selected to form the
phylogenetic tree using the selected sequences and then design the primers for qPCR and the
primers specific of the LAMP technique. The results obtained from the phylogenetic tree, with
the bootstrap inference method, brought forward good results and similarities between species,
resulting in a good tree of species with representation of the historical topology of the species.
The primers designed with the primer3Plusplatform proved to be good primers, achieving all
the parameters and only three of the five primer sets designed were selected for the LAMP
technique. The developed protocols (in sílico) were based on molecular techniques to diagnose
F. oxysporum in sweet potato, one protocol for qPCR technique and another protocol for LAMP
technique. |
pt_BR |
dc.identifier.uri |
http://dspace.sti.ufcg.edu.br:8080/jspui/handle/riufcg/27202 |
|
dc.date.accessioned |
2022-09-14T19:09:05Z |
|
dc.date.available |
2022-09-14 |
|
dc.date.available |
2022-09-14T19:09:05Z |
|
dc.type |
Trabalho de Conclusão de Curso |
pt_BR |
dc.subject |
Batata doce |
pt_BR |
dc.subject |
Ipomoea batatas |
pt_BR |
dc.subject |
Análise filogenética |
pt_BR |
dc.subject |
Fusarium oxysporum |
pt_BR |
dc.subject |
Patógenos fúngicos – batata doce |
pt_BR |
dc.subject |
Diagnóstico molecular |
pt_BR |
dc.subject |
Gene LYL2. 8. Fungos – batata doce |
pt_BR |
dc.subject |
Micologia |
pt_BR |
dc.subject |
Técnicas moleculares – QPCR e LAMP |
pt_BR |
dc.subject |
Sweet potato |
pt_BR |
dc.subject |
Ipomoea batatas |
pt_BR |
dc.subject |
Analysis phylogenetics |
pt_BR |
dc.subject |
Fusarium oxysporum |
pt_BR |
dc.subject |
Pathogens fungi – sweet potato |
pt_BR |
dc.subject |
Molecular diagnosis |
pt_BR |
dc.subject |
LYL2 gene |
pt_BR |
dc.subject |
Fungi – sweet potato |
pt_BR |
dc.subject |
Mycology |
pt_BR |
dc.subject |
Blast – MCBI |
pt_BR |
dc.subject |
Molecular techniques - QPCR and LAMP |
pt_BR |
dc.rights |
Acesso Aberto |
pt_BR |
dc.creator |
SILVA, Pedro Victor da. |
|
dc.publisher |
Universidade Federal de Campina Grande |
pt_BR |
dc.language |
por |
pt_BR |
dc.title.alternative |
Phylogenetic study and production of molecular markers in silico for the diagnosis of Fusarium oxysporum f. sp. rapae, in Ipomoea potatoes (L.) Lam. |
pt_BR |
dc.identifier.citation |
SILVA, Pedro Victor da. Estudo filogenético e produção de marcadores moleculares in silico para diagnóstico de Fusarium oxysporum f. sp. rapae, in Ipomoea potatoes (L.) Lam. 2022. 55f. Monografia - Universidade Federal de Campina Grande; Centro de Desenvolvimento Sustentável do Semiárido; Curso de Engenharia de Biotecnologia e Bioprocessos. Disponível em: http://dspace.sti.ufcg.edu.br:8080/jspui/handle/riufcg/27202 |
pt_BR |